Câu lạc bộ được thành lập vào năm 1925 với tên gọi Unione Sportive Poggibonsi.[2] Đội được đổi tên thành Poggibonsi Valdelsa vào năm 2002 và được chơi dưới tên này, ở cấp độ chuyên nghiệp trong Serie C2 vào năm 2002-03.[3]

Sau mùa giải đó, đội đã bị liên đoàn loại khỏi Serie C2 vì vấn đề tài chính và được nhận vào Eccellenza.[4] Để bắt đầu mùa giải 2004/2005, đội đã được giới thiệu dưới tên ban đầu là US Poggibonsi và nhanh chóng giành chiến thắng trong giải đấu trong mùa giải đầu tiên.[5] Poggibonsi chơi ở Serie D từ năm 2004 đến 2006, khi câu lạc bộ kết thúc mùa giải 2005-06 Serie D ở vị trí thứ ba, được thăng hạng vì những người chiến thắng giải đấu Fortis Spoleto và Fortis Juventus không thể chơi ở giải Serie C2. Câu lạc bộ đã kết thúc mùa giải 2006-07 Serie C2 ở vị trí thứ mười ba, một điểm so với các vị trí đá play-off xuống hạng, và do đó vẫn ở Lega Pro Seconda Divisione (Serie C2 được đổi thương hiệu) trong mùa giải 2007-08.

Poggibonsi đã xuống hạng trở lại Serie D trên 2013-14, sau khi hoàn thành mùa giải của họ ở vị trí thứ 16.